Наталья Беларусь, добрый день.
Цитата: Если будет проверка нулевой ставки, то могут ли снять нулевую ставку (начислить НДС по этой поставке) только по причине отсутствия оригиналов документов
Давайте разбираться,
Для подтверждения экспорта в страны ЕАЭС предоставляется (Согласно Приложения 18 "Протокол о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг" ст. II. "Порядок применения косвенных налогов при экспорте товаров" п. 4 Договора о ЕАЭС):
…1)
договоры (контракты), заключенные с налогоплательщиком другого государства-члена или с налогоплательщиком государства, не являющегося членом Союза (далее - договоры (контракты)), на основании которых осуществляется экспорт товаров; ….
…
3)
заявление о ввозе товаров и уплате косвенных налогов, составленное по форме, предусмотренной отдельным международным межведомственным договором, с отметкой налогового органа государства-члена, на территорию которого импортированы товары, об уплате косвенных налогов (освобождении или ином порядке исполнения налоговых обязательств) (далее - заявление) (на бумажном носителе в оригинале или в копии по усмотрению налоговых органов государств-членов)
либо перечень заявлений (на бумажном носителе или в электронном виде с электронной (электронно-цифровой) подписью налогоплательщика).
Начиная с 01.10.2018, транспортные документы для подтверждения 0% НДС подавать не нужно, в случае представления электронного перечня заявлений о ввозе. Но, ИФНС может выборочно запросить документы, сведения о которых включены в перечень.
Таким образом получается, не обязательно в ИФНС подавать документы, а если ИФНС их и затребует, то предоставляются скан-копии (можно их сделать черно-белыми)
Другой вопрос – в отсутствии оригиналов документов. Но, документы у вас отсутствуют по выручке, а не по расходам. Отсутствие оригиналов документов может привести к доначислениям, если такие документы подтверждают затраты , применение льгот т.д. Тем не менее, нельзя исключать риск начисления штрафа за нарушение правил учета (ст. 120 НК РФ, ст. 15.11 КоАП РФ)