Как начислить НДС, если ИП считал, что он на УСН?

Добрый вечер! Один мой знакомый ИП весь год "думал" что он на УСН, соответственно выставлял счета без НДС, обороты небольшие, сейчас он собрался закрываться, но налоговая увидела его поступления на расчетный счет и соответственно просит сдать декларации по НДС. Подскажите, как начислить НДС - сверху или в том числе? Налоговая просит сверху.